Las respuestas no tardan en hacerse visibles: en la iglesia metodista de Valparaíso comienzan a experimentarse con fuerza reuniones marcadas por oración ferviente, gozo espiritual, consagración personal y testimonios de conversión. Se reportan manifestaciones como el hablar en lenguas y una profunda convicción de pecado y arrepentimiento. El templo se ve colmado por una creciente asistencia, mientras el movimiento se difunde hacia otras congregaciones del país, convirtiéndose en un despertar que no se limita a un templo ni a una ciudad.

Sin embargo, el avivamiento genera resistencias. Dentro de la propia Iglesia Metodista Episcopal se alzan voces favorables, pero también sectores que consideran excesivas estas manifestaciones, juzgándolas como algo “fuera de lo común” o poco compatibles con un culto más ordenado. A ello se suma la oposición de parte de la Iglesia mayoritaria en Chile y de sectores de la élite gobernante, para quienes el pentecostalismo popular resulta incómodo, especialmente cuando comienza a alcanzar a los sectores más pobres y rurales del país. 

En Santiago, mientras tanto, las Iglesias Metodistas Episcopales también contaban con hermanos y hermanas que oraban por un despertar similar. Cuando la hermana Elena Laidlaw viaja desde Valparaíso para compartir lo que estaba ocurriendo en el puerto, se encuentra con una recepción dividida: algunos desean escuchar, otros se oponen abiertamente. El conflicto estalla el domingo 12 de septiembre de 1909, cuando se le impide dirigirse a la congregación y llega incluso a ser arrestada a petición de la autoridad metodista. Como consecuencia, de las dos iglesias metodistas de la capital salen dos grupos que se organizan como Primera y Segunda Iglesia Metodista Nacional, conservando el sello wesleyano, pero afirmando una identidad propia, nacional y fuertemente pentecostal. 

A lo largo del siglo XX, la Iglesia atraviesa momentos de crecimiento y también de tensiones internas. En 1933 se produce un cisma que dará lugar a la Iglesia Evangélica Pentecostal, mientras la Iglesia Metodista Pentecostal de Chile prosigue su camino bajo la conducción de líderes nacionales como Manuel Umaña Salinas, reforzando su identidad pentecostal y su arraigo entre los sectores populares urbanos y rurales. Más adelante, en 2007, diferencias de carácter administrativo desembocan en una nueva separación, distinguiéndose hoy una rama con personalidad de derecho público (IMPCH) y otra con personalidad de derecho privado (Corporación Iglesia Metodista Pentecostal de Chile), ambas herederas del mismo avivamiento fundacional de 1909 y del mismo tronco metodista-pentecostal. 

En la actualidad, la Iglesia Metodista Pentecostal de Chile se reconoce como una de las denominaciones pentecostales más numerosas del país, con presencia en prácticamente todo el territorio nacional y filiales en diversos países de América y otros continentes. Sus distintas expresiones jurídicas mantienen en común la centralidad de la experiencia del Espíritu Santo, la predicación del evangelio, la adoración congregacional fervorosa y la continuidad con la herencia wesleyana recibida a través de la antigua Iglesia Metodista Episcopal.